王莽の主力はすでに壊滅し、主な地盤は長安と洛陽という二つの大都市だけが残っていた。弘農（現在の河南省）郡の長官・王憲は、あっさり漢軍に降伏し、多くの豪族たちも王憲に従って長安を攻撃した。彼らは城内外で至る所に火を放った。王莽は礼服を着て短刀を手に持ち、前殿に座して、60万斤の黄金やその他の宝物を死守していた。
翌日、火は前殿まで及んだ。大臣たちは王莽を支えて太液池の中にある漸台へ避難した。夕暮れ時、蜂起軍が漸台に攻め入り、王莽を殺した。王憲は玉璽を見つけ、王莽が着ていた龍袍を身にまとい、かぶっていた冠を被ると、自ら皇帝を名乗った。
劉玄の派遣した者が玉璽を回収し、王憲を罪に問った。劉玄が最も信用していないのは劉秀だった。彼はまず、劉秀に人を率いて洛陽に行き宮殿を修復させ、都を移す準備をさせるという策を思いついた。その後、劉秀に大司馬としての身分を与え、劉玄を代表して河北地方の諸勢力を安撫するよう命じた。劉秀が河北に到着すると、現地の占い師・王郎が自ら皇帝を称したが、劉秀によって討伐された。劉秀は河北で多くの苦労をし、時には一食の食事さえ得られないこともあった。彼は王郎に反対する武装勢力と連携し、さらに別の「銅馬」蜂起軍を破り、自らの軍隊を数十万人にまで拡大した。
この頃、全国の各地で蜂起軍や豪族武装が自ら皇帝を称する者が多くいた。その中でも主要な皇帝たちは次の通りである。漢軍の劉玄、赤眉軍の指導者・樊崇が擁立した漢の宗室の15歳の牧童・劉盆子、そして成都にいた公孫述である。劉秀には二人の腹心がいた。一人は馮異で、元々は王莽の下の将軍だったが後に劉秀に帰属した。行軍中の休憩時、いつも一人で大きな木の下に座っていたため、「大樹将軍」と呼ばれた。もう一人は、劉秀が太学に在籍していた時の同級生・鄧禹である。この二人はともに、劉秀に自ら皇帝となり天下を統一すべきだと勧めた。こうして、西暦25年、31歳の劉秀が即位し、東漢の光武帝となった。
光武帝は「大樹将軍」の馮異を洛陽の漢軍討伐に向かわせ、また鄧禹には三万人の軍隊を与え、赤眉軍討伐に向かわせた。しかし鄧禹は三万人の軍隊を率いて長安を攻撃しなかった。まず上郡などの三郡を攻撃し、家畜や兵糧を確保した。長安の劉玄と赤眉軍が互いに争った後で、両方の蜂起軍を殲滅しようとしたのだ。劉秀が燕や趙の地を平定した後、再び洛陽を攻撃した。数ヶ月間攻めたが陥落させることはできなかった。
その時、赤眉軍は漢の天子・劉盆子の旗を掲げ、劉玄を征伐するために長安城に攻め入った。劉玄は妻や宮女たちを連れて北門から逃げ出した。赤眉軍は劉玄に直ちに降伏するよう命令した。劉玄は仕方なく劉盆子に玉璽を捧げ、劉盆子は彼を長沙王に封じた。劉玄が崩壊した後、劉秀は洛陽の漢軍を説得して降伏させた。以来、洛陽を首都とした（洛陽は長安の東にあるため、後漢は東漢とも呼ばれる）。
赤眉軍は長安城内で食糧を使い果たした。樊崇は数十万の大軍を率いて西へ流亡したが、不運にも暴風雪に遭遇し、多くの兵士や馬が凍死した。やむを得ず再び長安に戻ったとき、鄧禹の軍隊はすでに長安に入っていた。鄧禹は直ちに軍を出して攻撃したが、予想外に敗北し、長安まで失ってしまった。光武帝劉秀は急いで馮異に一隊の軍隊を率いて鄧禹に代わらせ、馮異にこう言い渡した。「長安一帯の民は極度に貧窮している。将軍が今度征伐に出る際、もし赤眉軍が降伏を望むならば、兵士たちを皆故郷に帰り農耕に励ませよ。最も大切なのは民心を安定させることであり、軽々しく人を殺してはならぬ。」
馮異は軍隊を率いて出発した。光武帝はまた鄧禹に詔を下し、「決して死闘してはならぬ。赤眉は食糧がないため、必ず東へ来るであろう。速やかに帰還せよ」と命じた。馮異が長安に到着し、軍隊を隠して伏兵を張った後、赤眉軍に宣戦布告した。赤眉軍が陣を敷くとすぐに伏兵に遭い、必死に戦い一日中戦ったが、半数以上が死傷した。馮異は一部の兵士に眉毛を赤く塗らせ、赤眉軍の兵士に変装させ、敵の部隊に紛れ込ませた。赤眉軍が進退きわまったところに、馮異は将兵たちに大声で叫ばせた。「速やかに降伏せよ！降伏すれば殺さぬ！」
赤眉軍は一気に軍心を乱され、武装解除された。残りの十数万の赤眉軍は樊崇の指揮のもと、東へ向かって進軍した。光武帝は大軍を率いて伏兵を配置し、赤眉軍が近づくと包囲した。樊崇は逃げ出すことができず、使者を光武帝に送って和睦を求めた。光武帝は降伏を命じ、樊崇は劉盆子を連れて光武帝の前に出て、素直に降伏した。
光武帝はすぐさま飯とおかずを作るように命じ、十数万の赤眉兵に良い食事を与えた。その後、光武帝は樊崇たちを洛陽に連れて行き、土地と家屋を与え、官職を与えた。しかし数ヶ月も経たないうちに、謀反の罪をでっちあげて彼らを殺害した。新朝を倒した最大の農民蜂起軍である緑林と赤眉の二つの勢力は、こうして光武帝によってすべて消滅された。